法人が保有する不動産を売却する際に知っておくべき税金のポイントと個人との違い

法人が不動産を売却する際には、取引だけでなくそれに付随する「税金」について理解しておくことが重要です。
不動産取引に伴う税負担はキャッシュフローに直接影響し、最終的な手取り額や、将来の投資計画にも大きく関わります。
特に法人では、減価償却により簿価が下がることで売却益が大きくなり、想定以上の税負担が生じるケースも少なくありません。

法人の場合、不動産の売却益（譲渡益）が法人税の対象となります。売却益は売却価格から帳簿価額（簿価）を引いた額であり、ここを正しく算定しないと想定外の税負担が生じます。
建物や設備は、減価償却によって帳簿価額が毎期下がっていきます。簿価が低いほど売却益が大きくなり、課税額も増える点は見落とされがちなポイントです。

また、後述するように法人の不動産売却にかかる消費税は、「土地は非課税、建物は課税対象」という原則があります。消費税の計算を誤ると、売却後に予期せぬ負担が発生する可能性があるため注意が必要です。

不動産を売却する際、法人が売る場合と個人が売る場合では課税される税金の種類、計算方法、経費・特例の扱いが変わるため、同じ売却額でも手取りが大きく変わる結果になり得ます。
ここでは、その違いを構造から理解できるよう解説します。

法人が不動産を売却すると、法人税（譲渡益に課税）のほか、地方税である法人住民税と法人事業税、そして消費税（建物・設備）が課されます。
個人の場合、課される税金は譲渡所得税（所得税＋住民税）と復興特別所得税のみです。

法人の大きな特徴は、建物の売却が消費税の課税対象となる点です。土地は非課税ですが、建物部分は課税対象となるため、取引価格の内訳を明確にする必要があります。
一方で個人の不動産売却では、原則として消費税は課されません（事業者として建物等を売却する場合などを除く）。

【法人と個人のモデルケース】
前提：売却価格 5,000万円、取得費・諸経費 を除いた売却益 1,000万円の場合

・法人の場合
法人税・住民税・事業税を合わせた実効税率を約30%と仮定すると、税額は約300万円です。
加えて、建物部分に消費税が発生する可能性があります。

・個人の場合（長期譲渡と仮定）
所有期間が5年を超える長期譲渡と仮定すると、各税目を合わせた税率は20.315%であり、税額は約203万円です。

このモデルケースでは、表面的には法人の税負担が大きく見えますが、消費税の取り扱いや経費計上、繰越欠損金との相殺などによっては、法人の方が有利になる場合もあります。

法人の場合、利益に応じて法人税率に基づき課税額が計算されます。
法人税そのものには累進性はなく、住民税・事業税と合わせた実効税率は概ね25～35％前後です。

一方で、個人は所有期間によって税率が変わります。
具体的には、長期譲渡所得（5年以上保有）であれば20.315%、短期譲渡所得（5年以下）であれば39.63%です。

どちらが得か損かというよりも、税率の構造そのものが違うことがポイントです。

法人は経費計上できる範囲が広く、税金の計算に大きく影響します。
例えば減価償却費（建物・設備）、仲介手数料、測量費・登記費用、人件費などを経費として計上可能です。
対して、個人は法人に比べて経費として計上できる範囲が狭く、取得費（購入価格）や仲介料、登記費用などに限られます。

その結果、同じ売却金額でも法人の方が売却益を小さくでき、税額が下がる可能性があります。

個人が使える特別控除・特例として、「3,000万円特別控除（居住用財産）」、「買換特例」などがあります。
これらは居住用の売却を前提とするため、法人は利用できませんが、法人には別の節税手法が存在します。過去の赤字と相殺して税負担を軽減する「繰越欠損金の活用」がその代表例です。

法人が不動産を売却する際は、単に「いくらで売れたか」だけでなく、売却益がどのように課税され、消費税や固定資産税がどのように処理されるかを理解しておく必要があります。

法人の不動産売却は、事業の一部としての取引とみなされ、売却益（売却額 − 帳簿価額）がその年度の利益に加算されます。
売却した年度のみ利益が急増し、法人税等が一気に増えることで、資金繰りに影響が出る点には注意が必要です。
そのため、以下のような方法で利益と税負担を平準化することが重要になります。

・修繕費・撤去費などの必要経費を事前に計上する
・過年度の繰越欠損金を活用して利益を相殺する
・売却のタイミングを決算後にずらす（納税時期を調整）

これらにより、利益が一気に増え税金も急増することを緩和できます。

法人の不動産売却で特に誤解が多い税目が「消費税」です。
原則として、土地は非課税であるのに対し、建物・設備（附帯物）は課税対象です。売却時に土地・建物・設備の価格の内訳を正確に区分しないと、建物や設備の部分に消費税が余分に上乗せされる可能性があります。
特に工場・倉庫の場合、クレーン、荷役設備、冷凍機・空調といった「設備付き」で売るとこれらも課税対象となり、税負担が大きくなる可能性があります。

思わぬ税負担を避けるために、以下の点をチェックすると良いでしょう。

・売却対象物に「設備」が含まれていないか
・売買契約書の土地・建物・設備の内訳が明確か
・課税売上割合の影響で「仕入税額控除」が変動しないか

不動産売却では、固定資産税・償却資産税がどのように清算されるかを押さえておくことも重要です。
固定資産税・償却資産税は、原則として1月1日時点の所有者に全額が課税され、売却時に日割りで精算することが一般的です。例えば6月30日に売却した場合、売主が1〜6月分を負担し、買主が7〜12月分を負担（清算金として売主に支払い）します。

また法人の税計算では、帳簿価額と売却額の差額がそのまま利益を決めるため、固定資産税の精算だけでなく簿価の確認が不可欠です。特に、減価償却の進み具合によって簿価が大きく変わる点や、建物だけでなく設備の簿価も利益に直結する点に注意しましょう。

法人の不動産売却に伴う税額は、簿価やタイミング、設備の扱いにより大きく変動します。
事前にこれらを把握しておくことで、税負担を抑えるための実務的な判断が可能になります。

簿価は税金計算の基準となる数値であり、売却額との関係によって利益・損失が確定します。
「簿価＜売却額」であれば利益、「簿価＞売却額」であれば損失が発生するため、誤りのない簿価を事前に把握しておくことが不可欠です。また、設備や附帯物の簿価も、別々に確認する必要があります。

売却の時期（決算期の前後）によって税額が大きく変わります。
売却益は年度の利益に一気に乗るため、決算直前に売るとその年度の利益が増加し、それに伴って税額も増加します。一方で、決算直後に売却すれば、納税タイミングを翌期に回すことが可能です。この判断が、実務上の重要なポイントとなります。

どのタイミングで売るかの判断は、繰越欠損金（過去の赤字）があるかによって異なります。
繰越欠損金が残っている場合は、売却益を欠損金で相殺できるため、税負担を大きく減らすことが可能です。
欠損金がない場合は利益がそのまま課税されるため、売却時期を調整して税負担をコントロールすると良いでしょう。

あわせて「大規模投資を控えている」、「修繕費の計上を予定している」といった事業計画との兼ね合いも考慮することで、最適なキャッシュフローを実現できます。

建物と設備をどう扱うかによって、法人税・消費税の両方が変動します。
建物と附帯物を一体で売る場合、設備も含む建物全体の価格が課税対象となります。一方で、特定の設備を建物とは別に売る場合、設備売却益として別途課税され、課税区分が変わることで税額も変わることがあります。

特に工場のように設備が多い建物では、設備の簿価や設備売却による課税の影響が大きくなり、税額も変動しやすくなります。

法人不動産の売却では、個人の売却以上に多角的な視点が求められます。

法人の場合、簿価や減価償却、繰越欠損金などによって税額に大きな違いが生まれます。
特に工場・倉庫では、設備や附帯物の扱いにより消費税の課税・非課税の扱いが変わるため注意が必要です。また、地中埋設物や土壌汚染といった過去の環境リスクが存在すると、買主との契約時に大きなリスクが伴うこともあります。

このため、個人での売却と異なり専門家による事前調査と税務判断が不可欠です。

ここまで解説したように、売却による利益の計上タイミングを誤ると、税額が大幅に増える可能性があります。また設備を一体で売るか、分けて売るかによっても税額が変わってきます。

したがって、「高値で成約したこと＝売却成功」と捉えるのではなく、税負担込みで「手取りを最大化すること」を売却成功の基準として考えることが重要です。

不動産仲介サービスの「ZEUS INBEST」は、工場・倉庫をはじめとする事業用不動産の高値売却をサポートします。総合建設業として長年実績を積み重ねており、単に高値で売却するだけでなく、税負担や企業リスクまで考慮した売却をトータルでご支援します。

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